Micromorfologia este un domeniu de cercetare ce constă în studiul la microscop al sedimentelor şi solurilor, în scopul reconstituirii modului de formare şi a evoluţiei ulterioare, până în prezent.

Locuinţele de la Popina Borduşani sunt realizate dintr-o structură de rezistenţă de lemn, îmbrăcată de diferite materiale de construcţie, (chirpici), preparate prin amestec de sedimente şi materiale vegetale de tipul paielor, plevei sau chiar a coprolitelor.

Pentru prepararea acestor materiale de construcţie au fost utilizate preponderent sedimentele fine cu textură prăfoasă, de tipul loessurilor, a căror sursă o constituia chiar baza tell-ului, respectiv martorul de terasă. Acestora li se adaugă, în puţine cazuri, sedimente argiloase şi nisipuri fine din aluviunile Dunării sau din malurile lacurilor şi bălţilor.

Locuinţele comunităţii eneolitice de la Borduşani sunt construite elaborat, studiul micromorfologic evidenţiind faptul că diferitele elemente constructive sunt realizate din diferite tipuri de materiale, preparate prin amestecare.

Astfel, podelele şi lutuielile pereţilor sunt realizate din amestec de loess cu paie sau pleavă, în timp ce lutuielile fine ale podelei sunt realizate din sedimente fine, depuse în stare umedă. Au fost întâlnite şi situaţii în care au fost utilizate amestecuri de sedimente fine cu coprolite de erbivore, (cum poate fi observat şi astăzi în unele dintre gospodăriile din mediul rural).

Amenajarea spaţiului din interiorul locuinţelor devine mai elaborată prin realizarea unor rogojini vegetale, cu rolul de a asigura o protecţie mai bună a podelei, necesară îndeosebi în zonele destinate odihnei. A fost întâlnită o situaţie în care s-a putut observa acumularea unei pelicule fine, cu grosime milimetrică, pe podeaua unei structuri ce corespundea, probabil, unui spaţiu unde se realiza decorarea ceramicii.

Spaţiul din interiorul locuinţelor gumelniţene de la Borduşani era bine întreţinut, prin studiul la microscop evidenţiindu-se în general numai constituenţi de mici dimensiuni, (fragmente de sedimente sau de chirpici, fragmente de oase, granule de nisip), ce sunt integraţi în partea superioară a podelei, îndeosebi în zonele de pasaj şi în vecinătatea vetrelor. Au fost întâlnite situaţii în care s-a observat chiar şi întreţinerea podelei prin stropire cu apă.

De asemenea, vetrele şi cuptoarele erau construite riguros şi amenajate sistematic, fiind utilizate aceleaşi tipuri de materiale de construcţie, principala deosebire constând în faptul că baza vetrei era realizată din fragmente de chirpici sau de rocă (în general calcare), în scopul de a se menţine cât mai bine temperatura.

Zonele de pasaj dintre locuinţe sunt individualizate, prin studiul la microscop, ca niveluri alcătuite predominant din granule de sedimente (ce provin de la distrugerea unor structuri anterioare sau din sedimentele aduse în aşezare în momentul preparării materialelor de construcţie) ce conţin rari constituenţi organici şi prezintă compactare importantă. Uneori, în astfel de zone se poate observa amenajarea spaţiului prin depunerea unei lentile de sediment.

Zonele de deşeuri menajere se prezintă sub forma unor acumulări microstratificate, constituite din lamine de cenuşă şi cărbune, oase şi solzi de peşti, oase de mamifere, cochilii de scoici şi melci, lentile cu coprolite, niveluri fine de sedimente şi chirpici ars şi nears.

Identificarea şi cercetarea detaliată a acestor zone este deosebit de importantă pentru înţelegerea modului de organizare a spaţiului locuit din cadrul aşezării de tip tell Popina Borduşani.